根據國際上對益生菌菌株安全性評估的新進展和我國對益生菌安全性評價的需求，針對新屬種的益生菌菌株的安全性評估，應基于全基因組測序生物信息分析，闡述待評價的益生菌菌株所攜帶的耐藥基因、致病性基因和環(huán)境抗性基因的特征，結合體外微生物學檢測和體內動物毒理學評價，以及人群和臨床試驗的安全評價等作為關鍵標準，判斷菌株的安全性。

目前市場上的主流益生菌菌株主要分離自健康人體和具有長期安全食用歷史的發(fā)酵食品，大多數菌株被認為無致病性的共生微生物。我國市場上使用的益生菌安全性已得到歐洲食品安全局、美國食品藥品監(jiān)督管理局中國國家衛(wèi)生健康委員會等權威機構的認可。益生菌產品應用于健康消費者是安全的。

我國基本形成了一套較為完善的益生菌標準法規(guī)體系。在使用菌種的選擇上，原衛(wèi)生部2001年頒布《可用于保健食品的益生菌菌種名單》，2010年頒布《可用于食品的菌種名單》和2011年頒布《可用于嬰幼兒食品的菌種名單》。近幾年基于科學的基礎研究成果又通過批準文號、許可公告或者是主動公布清單等形式發(fā)布可使用的菌種名錄。配合上述菌種在食品中的使用與監(jiān)管。