1、維持正常腸道菌群和抑制病原菌

益生菌可以通過消耗代謝底物、搶占定殖位點，以及分泌抑菌活性物質(zhì)等方式來抑制病原菌，維持腸道菌群平衡。

2、改善和維持腸道功能

益生菌可促進發(fā)酵產(chǎn)物SCFAs的產(chǎn)生和平衡，SCFAs對于維持腸道酸堿度和滲透壓以及縮短腸轉(zhuǎn)運時間等有重要作用，也是腸道上皮細胞能量的重要來源。

3、參與營養(yǎng)和代謝

益生菌能夠合成多種維生素（如維生素K）、多種酶類，以及促進膽酸分解代謝和中和致癌物等，還可以通過影響腸道上皮細胞內(nèi)分泌作用調(diào)節(jié)進食和能量平衡等。

4、調(diào)節(jié)免疫系統(tǒng)功能、調(diào)節(jié)內(nèi)分泌

益生菌通過與腸道的上皮細胞和淋巴細胞的相互作用，發(fā)揮免疫調(diào)節(jié)等作用；同時益生菌通過產(chǎn)生SCFAs等活性產(chǎn)物到達其他組織器官，發(fā)揮神經(jīng)內(nèi)分泌調(diào)節(jié)作用。

益生菌也有可能從腸道轉(zhuǎn)移到其他器官和組織。有研究提示，女性生殖系統(tǒng)和母乳中的菌群，可能來自腸道，但這方面還缺乏確切證據(jù)。